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蛋白质相互作用网络中信号流向方向预测；根据网络的拓扑性质，挖掘网络重要节点（如hub节点，crosstalk节点）；根据功能信息注释，进行网络模块化

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蛋白质组学是当前生命科学研究的前沿领域。对蛋白质快速、准确的鉴定是蛋白质组学研究中必不可少的关键性的一步。采用MALDI-TOF-MS测得肽质量指纹谱（PMF）在数据库中查询识别的方式鉴定蛋白质，是目前蛋白质组学研究中最普遍应用的最主要的鉴定方法。

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多肽偶联是指利用多肽的活性基团（巯基、羧基、氨基）在偶联试剂的作用下跟载体蛋白偶联到一起，形成生物大分子

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SILAC方法是首次应用于定量蛋白质组研究，为全面、系统地定性和定量分析复杂哺乳动物细胞蛋白质组提供了有效的方案。

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磷酸化是生物体内重要的蛋白质修饰种类，与酶活性，信号传导等多种极为重要的生物过程相关。因为含量很低，磷酸化信号大规模分析前一般需要先将其富集出来

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